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こんにちは。本シリーズでは、Bulk RNA-seq解析の基本から実践までを詳しく解説していきます。第1回目となる今回は、Bulk RNA-seq解析の基本的な概念や目的、必要なデータやツール、そして解析環境の整備方法について詳しく説明します。1. Bulk RNA-seq解析とは1.1 概要Bulk RNA-seq（バルクRNAシークエンシング）は、特定の組織や細胞集団から抽出したRNAをシーケンスし、その遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析する手法です。細胞全体の平均的な遺伝子発現量を測定することで、生物学的な状態や変化を理解することができます。1.2 なぜBulk RNA-seq解析を行うのか網羅的な解析：既知・未知の遺伝子を含む全トランスクリプトームを解析可能。発現量の定量化：遺伝子の発現レベルを高精度に定量化できる。比較解析：異なる条件や時間点での遺伝子発現の差異を検出可能。2. Bulk RNA-seq解析の目的差次的発現解析：異なる条件間で発現が変動する遺伝子を同定。クラスタリング解析：遺伝子やサンプルの発現パターンに基づく分類。パスウェイ解析：発現変動遺伝子が関与する生物学的経路の特定。新規転写産物の発見：未知の遺伝子やスプライシングバリアントの検出。3. 必要なデータとツールの紹介3.1 必要なデータRawデータ（Fastqファイル）：シーケンサーから得られる生データ。リファレンスゲノム配列：解析対象生物のゲノム配列（FASTA形式）。遺伝子アノテーション：遺伝子の位置情報を含むデータ（GTF/GFF形式）。3.2 主なツール品質評価ツールFastQC：シーケ