何度も似たような話ばかりですいません。
自分ではまだ納得がいってないので不具合解消の方法追求とかをしていく話になります。不具合は完全に解消しました。
第一の不具合。
NASの第一ベイにあった勝手に作られる共有フォルダ「ホームフォルダー」が第二ベイのに出来て第一ベイに戻らない。
第二ベイ以降のHDDを取り外し（破棄はしない）で起動したが問題解決にはならず。第二の不具合も同じで他の方法を探す事に。
第二の不具合。
NASにはアプリが入れられる機能がある。アプリは様々でSQLサーバー機能を追加出来たりVPN機能を追加出来たりするのだが私の場合はSMB Plusを入れてバージョンの低いWindows（7以前）でアクセスすることもありこれらでアクセス出来るようにしていた。しかしアプリのインストール情報どころか利用可能アプリ一覧すら出ない状態。これも第二ベイの方にシステム等が入っている状態だからと考えられる。
第二ベイを外しただけでは問題解決出来なかったので第二ベイを一度破棄して再起動した所利用可能アプリの一覧が出た（おすすめアプリも）。なのでここからSMB Plusのアプリをインストールしてこれで壊れる前の状態に出来た。
当然ながら第二ベイは中身が無くなったのでバックアップ側からコピー中。
面倒くさいったりゃありゃしない。
第三の不具合。
これについては謎は謎のまま。
今回「壊れた」はずのメイン側第一ベイの3TBのHDDがNASから取り出した後の調査では全く壊れていなかった。少なくとも表面テストで問題は全く見当たらず、ディスクコピーテストも問題なし。
原因は不明のまま。
NASのファームウェアが問題ならもっと短期間に不具合でボリュームの内容が消えてしまったりするはずなのでファームウェアの問題はあまり考えにくい。
外部からの攻撃についてもそれならバックアップ側も見えているはずなのでそこでバックアップ側が無傷というのも不思議な話。
スクラブやディスクテストについては1カ月単位でやってたと思うのでこれらについてはディスクを酷使していた可能性もあるのでスケジュールは廃止。
ディスクテストについては気が向いたらとかのレベルで行う。
HDDが到着して交換してからほぼ1週間を使ってしまったがなんとか元の状態に復帰した。
