NGS/WGS解析ツールの実行環境を整えます

バイオインフォマティクス解析ツールを使いたいものの、Linux環境やConda環境の構築で止まってしまっている方向けに、実行環境の構築を支援します。 過去にNGS/WGS解析に関わる業務で、Linuxサーバー上の解析環境構築や解析ツールの導入・実行を経験しています。 【対応内容】 ・Linux / WSL上でのConda環境構築 ・指定されたバイオインフォマティクスツールの導入 ・依存関係、バージョンの整理 ・指定されたコマンドが正常終了するところまでの実行確認 ・environment.yml等の環境情報の整理 ・再実行できるよう簡単な手順書を作成 【基本料金の範囲】 ・ツール1種類 ・Linux / WSL環境1つ ・Conda環境1つ ・実行経路1つ を基本とします。 bcftools、vcftools、GATK、Exomiser、SomalierなどのNGS/WGS関連ツールの使用経験があります。Conda / Miniconda、Apptainerを利用した解析環境構築の経験もあります。 【対象外】 ・どの解析手法を使うべきかという研究設計 ・解析結果の生物学的な解釈 ・病原性判定、診断などの医学的・臨床的判断 ・大規模な解析パイプラインの新規開発 ・機微なヒト個人データを直接受け取って行う解析 「使いたいツールや実行コマンドは決まっているが、環境構築でうまく動かない」というケースを主な対象としています。 内容によって対応可否が変わるため、購入前に見積り相談をお願いいたします。