①→S=A currently popular explanation for the rise in allergies V=is C= the so-called "hygiene hypothesis.” ですね。②→currently「現在」は副詞でpopular「人気の・一般的な」にかかっています。riseは「増加」と訳します。so-called「いわゆる」hygiene hypothesis「衛生仮説」ですね。
hygieneの意味がわかりにくいので、コウビルド英英辞典で調べてみました→”the practice of keeping yourself and your surroundings clean to prevent illness.”のように書かれています。