SeuratでscRNAseq解析をサポートします

R / Seuratを用いた single-cell RNA-seq（scRNA-seq）データの解析・可視化をお手伝いします。 「Cell Ranger処理後のデータはあるけれど、その後の解析方法が分からない」 「QCの閾値やPC数、resolutionをどう設定するか迷っている」 「UMAPやDotPlot、VlnPlotなどを作成したい」 「特定の細胞集団をsubsetして解析したい」 といった方を対象としています。 解析条件を一方的に決定するのではなく、データを確認しながら候補をご提案し、相談しながら解析を進めます。 【対応可能な解析】 ・count matrixからSeurat objectの作成 ・QC（nFeature_RNA、nCount_RNA、percent.mt等） ・Normalization、PCA ・PC数の検討 ・Clustering、resolutionの検討 ・UMAP ・subset、再解析 ・FindMarkers / FindAllMarkersによるmarker gene抽出 ・FeaturePlot / DotPlot / VlnPlot ・解析結果のCSV出力 ・図の調整 ・Rコードの納品 解析途中のSeurat objectからの対応も可能です。 【解析条件について】 QC閾値、PC数、resolutionなどは解析結果に影響するため、データの分布やPCA、クラスタリング結果等を確認しながら候補をご提案します。 必要に応じて複数条件を比較し、依頼者様と相談して決定します。すでに条件が決まっている場合は、ご指定の条件で解析します。 【料金】 ◆ 可視化プラン　5,000円 解析済みSeurat objectから、UMAP、FeaturePlot、DotPlot、VlnPlot等を作成・調整します。 ◆ 基本解析プラン　8,000円 count matrixから Seurat object作成 → QC → Normalization → PCA → Clustering → UMAP まで対応します。QC閾値、PC数、resolution等も相談しながら決定します。 ◆ 基本解析＋可視化プラン　10,000円 上記に加え、FindMarkers / FindAllMarkersによるmarker gene抽出や、指定遺伝子のDotPlot / VlnPlot / FeaturePlot等を作成します。 ◆ subset後の再解析　＋3,000円〜 指定した細胞集団をsubsetし、PCA、再クラスタリング、UMAP等を行います。 ※データ量や解析内容によって料金が変わる場合は、作業開始前に必ずご案内します。 【対応データ】 Cell Ranger等による一次処理が完了したデータを対象とします。 ・count matrix（matrix.mtx、features.tsv、barcodes.tsv等） ・Seurat object（RDS等） ※FASTQからの一次解析、アライメント、Cell Rangerによる処理には対応しておりません。 【対応範囲外】 ・FASTQからの一次解析、Cell Ranger処理 ・高度なtrajectory解析、RNA velocity等 ・解析結果からの生物学的結論の確定 ・その他、高度なバイオインフォマティクス解析 既知のmarker gene等から細胞種候補を検討することは可能ですが、細胞種同定を保証するサービスではありません。