コスト削減と独自ドメインが楽天市場から Shopify に移行・引越しで考えられる大きなメリットだと思います。
ただ、移行・引越しではなく共存もできるコトを知ってください。
Shopify には販売チャネルと云う概念があります。Instagram を Shopify の販売チャネルにできるように、楽天市場も同様に Shopify の販売チャネルの1つにできます。
つまり、商品登録・在庫管理・受注管理が Shopify で一元管理ができるようになります。
これが最大のメリットかも分かりませんね。
ご相談をお待ちしてます。