高校入試理科「生物・生殖」の問題の解説をお願いします。

添付の問題と模範解答についてです。 いまいち理解できていません。 Q1.資料の中のどの部分が間違っているのでしょうか？ Q2.同じ果実の「果肉の遺伝子」と「種子の遺伝子」の性質（Aaなど）が異なることがあるということでしょうか？ やり取りの中で 追加の質問も出るかもしれませんが、お付き合いいただければと思います。 よろしくお願いいたます。