バグの原因を特定したいです【PHP】

【概要】バグの原因特定をしたいです。 学校の成績を管理するシステムで、ファイル出力をすると、学生の成績が表示されないものがあり、その発生条件が特定できないため助けてほしいです。 【今わかっていること】SQLからデータを取ってきている直後まではデータあるんです。(ログ出力で確認しました) ただファイル出力をすると消えているので、その後の処理の何らかの原因でデータが出力されていないということなので、とりあえず場所を特定しようと色んな場所にログ出力を埋め込んでみました。しかし、SQLで成績とか学科とか学籍番号とかを一気に取ってきて、その後分割(？)している感じなので、例えば成績だけの変数を出力しても数字の羅列があるだけで、「この学生のこの学科のこの学期の成績」があるかどうかを確認することが(私には)できないという状況です。 【目的】バグの発生条件を知りたいというのもありますが、どうやったらバグの原因を特定できるかというプロセス的なことも知りたいので、少し解説をしていただけるとありがたいです。 今年未経験でIT企業にはいり、その私がやっていることなので、経験豊富な方がやればすぐ終わることなのでは？とも思いますが、今やっていることが難しいのかも簡単なのかも分からないので日々自分自身に絶望しています。 この情報だけじゃわからない！見積もりも出せない！と思われるかもしれませんが、あえて詳細は伏せて書かせていただいてます。すみません。 提案していただいて、気になった方にはこちらから詳細を連絡させていただきます。その際に細かく聞いたら意外と難しそうだから料金アップという感じでも大丈夫です。 今回は原因特定が目的なので、アルゴリズムを考えたりプログラム作成が得意というよりも、バグの特定、デバッグが得意という方にお願いしたいです。 よろしくお願いいたします。