STLファイルのリペア方法についての相談

初めまして。Pythonで3Dモデリングを行っている者です。 skimage.measure.marching_cubes_lewiner を用いて、ボクセル空間からマーチングキューブ法により表面メッシュを作成し、 trimesh.export にてバイナリ形式のSTLファイルとして保存しました（000017.stl）。諸般の都合により、ワザと穴の開いたメッシュを作り、穴を pymeshfix にて塞ごうとしております。 ところが、trimesh.load でSTLファイル（000017.stl）を読み、 meshfix = pymeshfix.MeshFix(vertices, faces) としてpymeshfixオブジェクトへ変換して、meshfix.plot()にて表面メッシュの確認をすると、何らかのエラーを示す「赤線」がメッシュ全面に現れます（Original.png)。この状態で穴を塞ごうとmeshfix.repair()を実行すると エラーを出力して落ちてしまいます。 一方、Meshlabで（000017.stl）を一回読んでexport mesh すると（000017Meshlab.stl）、同エラーは消えて（AfterMeshlab.png）、meshfix.repair()が実行可能になります。 １．（000017.stl）と（000017Meshlab.stl）の間で何が変更されたかお教えいただける方を募集しております。一応、Materialiseというソフトを使って、エラー検証（反転三角、バッドエッジ、シェル）を見ているのですが、（000017.stl）と（000017Meshlab.stl）で違いが見つかりません。ファイルサイズは半分程度になっています。 ２．また、可能でしたら関連するPython モジュール等についてもお教えいただけると嬉しいです。 2000円くらいお支払することを想定しております。一方、私自身引き続き自己解決に努めますので、ご相談いただいた時点で問題が解決していた場合はご容赦くださいませ。