解析ソフトMAGeCKの動作環境設定

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募集終了 締切日 2020年1月31日 /
掲載日 2020年1月7日
応募状況
応募人数 1
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用途・種類
ー
依頼工程
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用意してあるもの
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開発言語
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募集内容

募集内容
初めまして。 生物系の大学院に所属しており、CRISPR/Cas9 screeningを用いる研究を進めております。そこで解析のためにMAGeCKというソフトを使うことになったのですが、なかなか実際に動かせるまでに至りません。つきましては、動作のために設定や実行コードの書き方等助けていただけないかと思います。 MAGeCKはFASTQ形式のデータファイルからsgRNAのcountなどをしてくれるソフトです。さらに得られた結果を視覚的に表示(グラフ化)するのにMAGeCK-VISPRというソフトも必要となります。おそらく実際に使用したことのある方でないとなかなか分からないと思いますので、そのような方でもしこの依頼を見てるいらっしゃいましたらご連絡をいただけたら幸いです。 当方PCはiMac、macOS、8 GBです。 下記は各ソフトの参考ページとなります。 ■MAGeCK ファイル:http://bitbucket.org/liulab/mageck/src/master/ マニュアル:https://sourceforge.net/p/mageck/wiki/Home/ 動画チュートリアル ①Instrallation:https://www.youtube.com/watch?v=0FLWSp1tdTI ②Running MAGeCK:https://www.youtube.com/watch?v=iIyP2w44ric ■MAGeCK-VISPR ファイル:https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr/src/master/ 動画チュートリアル ①Installstion:https://www.youtube.com/watch?v=IslJQyJb_jE ②Pipeline Configuration:https://www.youtube.com/watch?v=3maSxhy1JL0 ③Quality control demo:https://www.youtube.com/watch?v=-Um-Mrf4_7s
添付ファイル
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参考URL
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求めるスキル
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特記事項
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応募者一覧

応募者
応募日時
konoki_yuri
2020/01/11 21:31

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brilliantwhite1212
brilliantwhite1212
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