初期ドメインを非表示にして、独自ドメインをサイトURLで表示させたい

現在2つのサイトを同じマルチドメインで運用しています。 参考サイトURLを見てもらえるとどのような状態か分かるかと思いますが、初期ドメインが表示されており、階層以下のファイルがサイトURLですべて表示されています。 セキュリティ上あまりよろしくないので、ここの表示を 独自ドメインでやりたいと思っています。 自分としては、「.htaccss」ファイルを作成し、初期ドメインから独自ドメインへリダイレクトしましたが、サイト自体が表示できなくなります。 レンタルサーバはさくらレンタルサーバを使用しています。