コロナ融資に使用する青色申告の修正申告について

【依頼内容】セーフティネット4号取得し、これから民間銀行へコロナ融資を申請する予定です。 銀行の担当者より、入力間違えなので修正したほうがいいと勧められ 確定申告の修正申告、または帳簿の作り直しをしたいと考えています。 3年分、クラウドfreeeで確定申告書を作成しており青色申告しています。 素人で知識がなかったため、プライベート資金もfreeeの自動処理で計上したのですが 事業主借と事業主貸の部分が間違っておりました。 また、期首の入力をしていなかったため、おかしな申告となっていたようです。