PHP/MySQLに関するページでタイムアウトになる現象の原因調査・対策

CentOS 7.3 64bit にコントロールパネル：Plesk Onyxを導入し、 Webサーバを運用しております。（クラウドサーバ） 同サーバ上で複数のドメイン・サイト（主にWordpressによる）を運用しており、 そのうちの一つのサイト（「ドメインA」とします）において、 ・WordpressによるWebサイト ・社内にて開発したPHP/MySQLで動作するASPサービス（予約・会計管理システム） が稼働しております。 現在直面している問題としまして、 「ドメインA」において、 不定期にPHP/MySQLに関するページ（Webサイト及びASPサービス）が タイムアウトになる現象が発生しております。 PHP/MySQLが絡んでいない素のHTMLやjpeg等のファイルの表示は問題がなく、 ドメインA以外で同サーバで運用しているドメインは、PHP/MySQLも正常動作しております。 ドメインAにおいてASPサービスで用いているDBとWordpressで用いているDBは分けていますが、 ASPサービス・Wordpress双方タイムアウトとなります。 サーバの負荷状況をPleskのヘルスモニタ・TOPコマンド等で確認していますが、 通常動作時よりも顕著に高いということは、見受けられませんでした。 （予約・会計管理システムにより、 　普段から慢性的にある程度負荷がかかり続けていますが、 　その負荷が高い時に発生する、ということでは必ずしも無いように見えます） Webサービスの再起動を行っても状況は改善せず、 MySQLサービスの再起動を行うと、元の状態に戻ります。 又、ある程度（2～30分？）時間が経てば、改善するケースもあるようです。 現在のサーバに移る前、スペック的には現行サーバより低い、CentOS5.3＋Pleskのサーバにて 同様のWebサイト・ASPサービスを２～３年稼働させていましたが、 そちらではこのような状況は発生しておらず、今回現行サーバに移行してから発生するようになりました。 同サーバ内の他サイトは正常に動作していることから、 Web／PHPサービス自体は正常に動作しており、 サーバ全体としてはまだスペック上余裕がある状況だと思われます。 そのため、可能性として ・負荷などを起因としたPlesk若しくはMySQL側の制御で、 　該当サイトでのPHP/MySQL利用に一時的な制限がかかっている状況（設定の問題？） ・ASPサービス内の何らかのエラーによりPHP/MySQLがビジー状態になっている 等を想定しておりますが、エラーログ等を追って調査しておりますが、 原状詳細が判明しておりません。 この問題の解決にご協力頂ける方を探しております。