個人事業と法人のお金の振り分けについての相談

【概要】妻経営の法人の役員と個人事業をしており、同一業務委託の仕事を双方で受ける予定です。契約書では、仕事内容は法人と個人事業では少し変えてあります。更に、法人からは社会保険の為に少額ですが個人に給与を支払う予定です。このお金の流れが法的・税務署的に問題か否かを知りたいです。 【提案の際のお願い】提案される際は問題あるかないかについてご提示頂けますと検討がしやすいです。また、問題ないのであれば、どのような証拠（メール履歴や契約書等）を残しておくべきかを知りたいです。来月10日には業務委託費が支払われるので、それまでには回答を頂きたいです。宜しくお願いいたします。