サーバー、ウィルス対策のご相談

お世話になります。 下記事項につきまして、解決策のご教示をお願いできますと幸いに存じ上げます。 時期は不明ですが、サーバがたまに短時間ダウンする状態となり、アクセスログを確認したところ 下記のようなアクセスを、同時刻に数回～数十回繰り返しアクセスされていました。 例： 　37.251.155.50 - - [14/Mar/2019:04:47:25 +0900] "GET /media/2015/11/09/wjm.php?p=サイトドメイン_479.html'\x22 HTTP/1.1" 403 2843 "-" "-" 　（現在は、海外IP拒否htaccess / wjm.phpの削除をしているため、上記例のステータスは403となっています。） 1つのサーバをマルチドメインで4サイト運用しておりましたので、全てのサイトに同内容のアクセスがあり、該当ファイル（wjm.php）及び明らかに怪しいファイル（ユニーク文字列.pdfのようなファイル名）については削除しました。 しかしながら、その後も依然として集中アクセスは続いており、Web情報を参考に海外IPからのアクセス拒否設定をhtaccessファイルで行い、更に、それぞれのサイトをそれぞれ別々のサーバに振り分けました。 また、上記対策後にアクセスログを再確認したところ、ステータス403を返すIPもあるのですが、依然下記のような200で集中アクセスをしてくるところもあります。 例： 　59.135.87.49 　160.13.94.8 　など 上記IPなどは依然一秒間に数十アクセスされています。 また、アクセス先は、wjm.php や　不明なファイルではなく、画像ファイルやフォントファイル、スタイルファイル等、サイト表示に使用するファイルにもアクセスされている状況です。 何卒ご査収賜りますよう、よろしくお願い申し上げます。