確定申告修正と副業（収入）について

令和1年分の確定申告の見直し、確認が税務署から届きました。背景は当該年度、ふるさと納税をワンストップ制度で申請したのですが、その後2月に医療費控除を受けるため確定申告をしたところ、確定申告をしたためワンストップ納税がてきないということで、処理されず約12万円分のふるさと納税証明書が区役所より戻ってきてしまいました。その後再度区役所に受領書を送付したところ、区役所からは約9万円の返金処理があり、その後税務署からこの案内が届きました。 この件でどのようにすれば良いか30分程度アドバイスを頂ければ助かります。 どうぞ宜しくお願い致します。