Aviutlでの動画エンコード後に途中から音声が消えてしまう現象の原因特定

Aviutlにてエンコードした動画ファイルに以下の様な症状が出ており、色々と調べたり設定を変更して試したりしていますが問題が改善しません。 原因が分かりませんので、Aviutlに詳しい方にこのような似た症状で分かる方がいればご教授いただければと思います。 【動画の編集内容】 出力動画のファイル形式：mkv ※最大フレーム数設定を増やして長時間のエンコードも出来るように設定済み。 〇拡張編集で編集 〇出力プラグイン：拡張x264(GUI) Ex 映像：1枚だけの連続的な静止画（JPEGファイル。画面サイズ1920x1080） 音声：複数のFLACファイル（音声：FLAC.EXE、Muxer：mkvmerge.exe） 【発生している内容】 合計6時間20分程の編集ファイルで上記mkvファイルとしてエンコード。 ファイル自体は特に問題無くエンコード出来ます。 出来上がったファイルを再生すると映像（静止画）は、普通に6時間以上のファイルが生成されて最後まで表示されます。 ただ音声だけが最初の4分程は流れますが、そこから先がなぜか音声が無音になってしまいます。 動画長すぎるのが問題かと思い動画を分割し、3時間くらいずつに短く分割してエンコードし直すと特に問題無く最初から最後まで映像・音声共に再生出来るようになります。 単純に6時間以上という動画の長さが良くないだけなのか、原因が特定出来ていませんのでよろしくお願いいたします。