2つの平面の図形がどの程度類似しているかをCloudcompareなどを用いて測定したい

【 募集詳細 】 医学論文を作成しています。その際に２つの図形がどの程度類似しているかを比べる方法を模索しています。 Hausdorff距離、Root Mean Square Error(RMSE)を指標とする予定です。 すでに輪郭抽出しメッシュ化してOBJに変換まではしています。 CloudcompareとMeshlabを用いてHausdorff距離の測定まではできていますが、２つのアプリケーションで測定値が異なっていること、またRMSEの算出方法が不明なため作業がとん挫しています。 上記に関してお教えいただける方を募集しています。 【 重視する点・経験 】 当方はプログラミング言語は初心者に近いため、CloudcompareなどGUIアプリケーションを用いての方法をお教えいただけると幸いです。 【 添付ファイルについて 】 demo1.2はすでにメッシュ化したOBJファイルで、大きさの補正済です。 ココナラ用というファイルは実際の比較対象です。 これをImageJで二値化し、輪郭抽出したのち、スケールで大きさを補正し、mesh化しています。 よろしくお願いいたします。