ユニークなGO解析の円環プロット作成 Rコード

以下はGO解析に使用したコードです。

# パッケージの読み込み
library(clusterProfiler)
library(org.Mm.eg.db)
library(ggplot2)
library(enrichplot)

# 差次的発現結果を読み込む
deg_df <- read.csv("your_deg_file.csv", sep = ",", header = TRUE)

# log2FC の絶対値を追加
deg_df$abslog2FoldChange <- abs(deg_df$log2FoldChange)

# log2FC の絶対値が1より大きく、かつ padj が0.05以下の遺伝子を抽出
sig_deg <- deg_df[deg_df$abslog2FoldChange >1 & deg_df$padj < 0.05, ]

# Ensembl ID の列（gene_id）を抽出
ensembl_ids <- sig_deg$gene_id

# Ensembl ID を ENTREZ ID に変換（GO解析にはENTREZ IDが必要）
entrez_ids <- bitr(
  ensembl_ids,
  fromType = "ENSEMBL",
  toType = "ENTREZID",
  OrgDb = org.Mm.eg.db
)

# 結果を確認
head(entrez_ids)

# GO（Gene Ontology）解析を実行
ego <- enrichGO(
  gene = entrez_ids$ENTREZID,
  OrgDb = org.Mm.eg.db,
  keyType = "ENTREZID",
  ont = "ALL",    # "BP"（生物過程）,"CC"（細胞構成）,"MF"（分子機能）に変更可能
  pAdjustMethod = "BH",
  pvalueCutoff = 0.05,
  qvalueCutoff = 0.05,
  readable = TRUE          # 結果を gene symbol に変換
)

# 有意なGOエントリを確認
head(ego)

# 結果を保存
write.csv(as.data.frame(ego), "GO_enrichment_results.csv", row.names = FALSE)

# 可視化：棒グラフ
barplot(ego, showCategory = 20, title = "GO Enrichment Barplot")

# 可視化：バブルプロット
dotplot(ego, showCategory = 20, title = "GO Enrichment Dotplot")

GO解析の結果に基づいて図を作成してください。